对此，一群曾参与“曼哈顿计划”的化学家和物理学家们深感痛心，他们认为是自己“将魔鬼从瓶子中放了出来”，因此必须得做些什么来补救。于是，他们在芝加哥开会商谈，并于1945年出版了一本时事通讯，呼吁全球实行武器控制。两年后，他们将时事通讯发展成一本杂志，命名为《原子能科学家公报》，杂志社总部就设在芝加哥大学校园里。

　　当时，杂志的创办者海曼·戈德史密斯邀请一名曾参与“曼哈顿计划”的物理学家的妻子马蒂尔·朗斯多夫为第一期杂志设计封面。马蒂尔想到“用钟来指示危机”的方法，于是她画了幅素描：一个只有左上方1/4刻度的钟摆，指针指向23：53，距象征世界末日的午夜只有7分钟，以反映美国二战期间的核计划给世界带来的威胁。

　　这个设计图案吸引了读者，于是它出现在每期杂志的封面上，只不过背景颜色不同。马蒂尔当初选择23：53作为时钟开始时间只是为了美观。不过，到了1949年，《原子能科学家公报》杂志社决定用调整指针的方法来指示世界核威胁水平，并制作了一座只有钟摆没有机械结构的钟，它的面积为18英寸，外表是木质的。

　　后来，“末日钟”的设计方案几经修改，最后在1989年被重新设计。根据新方案，《原子能科学家公报》杂志又重新制作了一座“末日钟”。它是圆形的，直径为18英寸，外表用青铜制作，上面还刻有世界地图。但是没有包括现在的一些核热点地区，比如印度、巴基斯坦和朝鲜等。

　　因此，“末日钟”实际上有两座，它是核时代最著名的象征，时刻提醒人类面临核武扩散和核战末日的威胁。

　　冷战结束后，随着超极核武库规模的缩小，有些人认为“末日钟”失去了它的启示意义。上世纪90年代，有人提出仅设立一个“末日钟”不够准确，最好使用两座钟：一座反映全球核战的危机，指针至少指向23：30；另一座反映恐怖主义、核威胁或地区冲突，指针指向23：58，距午夜只有两分钟。对此，《原子能科学家公报》杂志董事会认为，只要危及人类生存的核威胁,以及生态和环境等其他威胁存在，“末日钟”就是一个强大的象征。