在当时的城区内，分布有街市、官署，驿站、学府、寺院等区域和百姓、官员、兵卒的住宅区；有直通城门的东、西大街和南北街巷组成的整齐街道。街道两侧，布满了各种店铺，有饭馆、酒店、客栈、钱庄、杂货店、衣帛行、马具作坊等。并有马市、柴市及交换农牧产品的互市场所。黑水城，不仅城内十分繁荣，而且在城外也有百姓集中的居民区和繁华热闹的街市。当时，居住在黑水城一带的固定人口约有七八千人之多。

　　在黑水城众多的建筑中，宗教建筑是这座古城的一大特色。黑水城，曾是一个多民族聚居的城市。历史上曾建造过许多宗教寺院。有佛教、道教和伊斯兰教等不同的建筑。其中以佛教建筑最多，而且占地面积也最大。在西北角的城墙上，至今还耸立着5座宝瓶似的佛塔。最高的一座达13米。佛塔是用土坯垒成，虽经数百年的风沙侵袭，今天依然耸立云端，成为黑水城独具魅力的标志。

　　元朝时期的黑水城，不仅是一座人口众多，经济发达的繁荣城市，而且还是当时“北走岭北、西抵新疆、南通河西、东往银川”的交通要冲和元朝西部地区的军事、政治、文化中心。

　　公元十四世纪中叶，这里的情况发生了巨大的变化。昔日的绿洲，被沙漠吞噬，变成了一片荒漠。昔日繁华昌盛的黑水城也变成了一座废城。现在它们的痕迹依稀可辨。砖石，瓦块，陶瓷残片，铁器，雕刻，泥佛，风化的白骨，破裂的石磨，块垒等当年的遗物。在古城遗址的西北角上，端坐着12米高的西藏覆钵式佛塔，古朴，圆融，安详，是黑城的标志性建筑。