1911年发生的辛亥革命,推翻了满清政府,建立了中华民国。在全国政权变更、政局混乱之际,清朝驻藏官兵分裂为共和与帝制两派,互相仇杀,并纷纷哗变,扰害地方。西藏上层中的亲帝势力乘机组织力量与驻藏川军对抗,大搞民族分裂活动,使西藏局势处于极其混乱之中。在这种混乱的情况下,西藏地方与中央政府之间的关系一度比较松散,但西藏作为中国领土的一部分,与中央政府之间的政治隶属关系一直没有改变。

　　中华民国一经成立，即宣布它是合汉、满、蒙、回、藏等民族为一体的共和国。1912年1月1日，中华民国第一任临时大总统孙中山在就职宣言书中向全世界昭告：“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏等诸地为一国，则合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族之统一。”当时作为国旗的五色旗即象征五族为一体。3月，中华民国南京临时参议院颁布的民国第一部宪法《中华民国临时约法》明确规定，西藏是中华民国领土的一部分。

　　1912年8月10日，为组建中华民国第一届正式国会，北京政府颁布《中华中国国会组织法》和国会议员选举法，规定西藏地方民众参加选举的办法和被选举的议员直接参政。1927年，中国国民党在南京组建国民政府，并于1931年召开国民会议，十三世达赖喇嘛和九世班禅额尔德尼均派出正式代表参加。这次国民会议制订的《中华民国训政时期约法》总纲第一条规定：西藏是中华民国的领土。西藏地方政府和班禅的行政机构堪布厅的代表，还加了南京国民政府于1946年召开的国民大会。

　　中华民国期间，中央政府一如元、明、清三朝，实行对西藏地方的治理。1912年中央政府设立蒙藏事务局(1914年5月改为蒙藏院)，取代清朝的理藩院，主管西藏地方事务，并任命了中央驻藏办事长官，例行清朝驻藏大臣职权。南京国民政府成立后，于1929年设立蒙藏委员会，主管藏族、蒙古族等少数民族地区行政事宜。1940年4月，国民政府在拉萨设立蒙藏委员会驻藏办事处，作为中央政府在西藏的常设机构。

　　依历史定制，达赖喇嘛、班禅额尔德尼以及其他大活佛，必须得到中央政府的认可和册封，他们在西藏地方才有政治上和宗教上的合法地位。民国期间，外患不已，内乱频仍，中央政府孱弱，但达赖喇嘛、班禅额尔德尼继续接受中央政府的册封。达赖、班禅等多次表示维护祖国统一，拥护中央政府。1919年，十三世达赖对北京中央政府派出的代表团说：“余亲英非出本心……余誓倾心内向，同谋五族幸福。”他在晚年(1930年)还曾表示，“吾所最希求者，即中国真正和平统一”，“都是中国领土，何分尔我”，“英人对吾确有诱惑之念，但吾知主权不可失”，公开表明“ 不亲英人，不背中央”的意旨(摘自刘曼卿著《康藏轺征》)。九世班禅在遗嘱中说，“余生平所发宏图，为拥护中央，宣扬佛化，促成五族团结，共保国运昌隆”。

　　1933年12月，十三世达赖喇嘛圆寂，西藏地方政府依传统旧制向中央呈报。国民政府派专使入藏致祭，并批准势振活佛为摄政，代行达赖喇嘛职权，对于寻觅十三世达赖转世灵童应遵循的办法，西藏地方政府都按照历来的规定一一呈报中央政府。现在的十四世达赖出生于青海省，原名拉木登珠，在他两岁时被选为转世灵童之一。1939年，经西藏地方政府呈报，中央政府指令青海省当局派军队把他护送至拉萨。1940年，当时任中央政府首脑的蒋介石，经特派蒙藏委员会委员长吴忠信到拉萨察看后，同意西藏地方摄政热振关于免于金瓶掣签的申请，由国民政府主席正式颁布命令，批准拉木登珠为十四世达赖喇嘛。